Okres II Wojny światowej wywarł dramatyczne piętno na tej dzielnicy. 3 marca 1941 roku zarządzeniem gubernatora dystryktu krakowskiego Otto Wachtera utworzono we wschodniej części Podgórza getto żydowskie, nadając temu miejscu oficjalną nazwę "Der judische Wohnbezirk in Krakau", czyli "Żydowska Dzielnica Mieszkaniowa w Krakowie". Za tą lokalizacją opowiadały się warunki naturalne - teren położony między Wisłą a pionowymi ścianami skalnymi niegdysiejszych kamieniołomów, gęsta zabudowa obejmująca ok. 320 kamienic oraz spora liczba ludności żydowskiej mieszkająca tutaj przed wybuchem wojny. Na tych 20 hektarach przed wojną żyło około 3 tysiące mieszkańców, w dwuletnim okresie istnienia getta, osiedlonych zostało tutaj około 15-18 tysięcy Żydów.
  Teren został otoczony murem w kształcie macew. Do getta można było dostać się przez jedną z bram:
a) przy ul. Bolesława Limanowskiego – brama dla pieszych i tramwajów, ozdobiona sześcioramienną gwiazdą i napisem „Jidiszer wojnbacirk”.
b) przy Placu Zgody (dziś Plac Bohaterów Getta)
c) przy ul. Lwowskiej

O tej budowli tak miała wypowiadać się żona Wachtera: „W Krakowie mój mąż wzniósł dookoła getta mury w stylu orientalnym, z pięknymi Łukami i blankami. Krakowscy Żydzi doprawdy nie mogą się skarżyć. Prawdziwie elegancki mur w guście hebrajskim”. (za: Roman Kiełkowski, Historie spod Kopca Krakusa, Kraków 1972, s. 348)

   Do kontroli ludności na terenie getta, Niemcy powołali organ złożony spośród Żydów pod nazwą Judenrat oraz policję porządkową Ordnungsdienst (OD). Pierwszym przewodniczącym Judenratu został Marek Biberstein. Oba organy podległe były bezpośrednio Gestapo. Komendantem Ordnungsdienstu został Symche Spira.

   Na terenie getta powołano cztery szpitale:
a) na rogu ulic Krakusa i Józefińskiej – dawny szpital przeniesiony z ul. Skawińskiej na Kazimierzu
b) na Placu Zgody – szpital zakaźny
c) przy ul. Bolesława Limanowskiego 15a – szpital dla starców. 28 października 1942 r. Niemcy rozstrzelali mieszkańców domu Starców oraz dyrektora Jakuba Kranza.
d) przy ul. Józefińskiej 10/12 – szpital działający w latach 1941-42 dla osób przewlekle chorych i rekonwalescentów, prowadzony przez dra Juliana Aleksandrowicza. Szpital uległ likwidacji a chorzy wymordowani podczas likwidacji getta.

   Na terenie getta działała apteka przy Placu Zgody 18. Ową aptekę „Pod Orłem” prowadził Tadeusz Pankiewicz, jedyny Polak mieszkający w getcie oraz dojeżdżające do pracy pomocnice Irena Droździkowska, Aurelia Danek-Czort i Helena Krywaniuk. Apteka, jako jedyna oznaczona została łacińskim alfabetem, wszystkie pozostałe napisy oraz nazwy ulic opisano w języku hebrajskim. Po wojnie Tadeusz Pankiewicz napisał książkę opartą na wspomnieniach zatytułowaną „Apteka w getcie krakowskim”.

  Poza wymienionymi obiektami na terenie getta znajdowały się instytucje:
  Judenrat (Rada Żydowska) przy Rynku Podgórskim 1 - do zadań Rady należał kwaterunek nowych więźniów getta.
  Żydowska Samopomoc Społeczna (ul. Józefińska 18)
  Dzienny Dom Opieki (ul. Józefińska 22) - dom przeznaczony dla dzieci w wieku 6-14 lat. Podczas likwidacji getta w kwietniu 1943 roku Niemcy zamordowali wszystkie znajdujące się tam dzieci.

  Kinderheim - Dom Sierot (początkowo ul. Krakusa 8, następnie Józefińska 31, potem Józefińska 41)... więcej

  Szkoła Stowarzyszenia Talmud Tora, ul. Rękawka 30

  6 grudnia 1942 roku po wywózce i wymordowaniu ok. 5000 ludzi getto podzielono na część A dla pracujących oraz część B dla reszty ludności. Pracujących Żydów, a więc oznaczonych literą A zmuszono do noszenia opasek informujących o charakterze pracy:
 W (Wermacht) – czyli pracujący dla wojska
 R (Rüstung) – czyli pracujący dla Inspekcji Zbrojeń
 Z (Zivil) – pracujący dla prywatnych firm niemieckich

   Podział getta na część A i B był zapowiedzią budowy obozu pracy niedaleko getta. W czerwcu 1942 roku utworzono trzy sąsiadujące ze sobą obozy pracy, tzw. Judenlager. Największy z nich Julag I w Płaszowie był obozem głównym. Pozostałe Julag II w Prokocimiu i Julag III w Bieżanowie to podobozy, w których przetrzymywano głównie kobiety i dzieci.

   Pod koniec roku 1942 w Płaszowie rozpoczęto budowę obozu pracy na miejscu dwóch cmentarzy żydowskich. Od lutego 1943 roku kierownictwo budowy przejął komendant Amon Goeth, który do wiosny tego roku, przy wykorzystaniu więźniów Julagu I ukończył budowę.
   Utworzenie obozu było zapowiedzią likwidacji getta.  W nocy z 12 na 13 marca 1943 roku spośród mieszkańców oznaczonych litera A, jako zdolnych do pracy, uformowano kolumny, po czym odprowadzono do obozu. Oznaczonych jako „B” od razu rozstrzelano lub wywieziono do obozu koncentracyjnego w Oświęcimiu.
Podczas akcji likwidacji getta krakowskiego, Żydzi nie zdecydowali o podjęciu walki. Wspomnieniem owej bezsilności jest pomnik znajdujący się na Placu Bohaterów Getta w postaci krzeseł, które pozostały po wywózce ludności do Płaszowa i Oświęcimia.

   Literatura:

• Duda Eugeniusz, Jewish Cracow, Kraków 2003

• Kiełkowski Roman, Historie spod Kopca Krakusa, Kraków 1972

• Ostrowski Jan, Kraków, s. 117-122, Warszawa 1989

• Pankiewicz Tadeusz, Apteka w getcie krakowskim, Kraków 1995

• Salwiński Jacek, Wokół ulicy Lipowej, Kraków 2011