Historia Sukiennic zaczyna się w 1257 roku, kiedy to książę Bolesław Wstydliwy na obrzeżach ówczesnego miasta, Okołu wytycza nowe miasto składające się z centralnego rynku oraz sieci ulic na kształt szachownicy.
Wkrótce po lokacji zbudowano na rynku szereg obiektów, jak ratusz, wagę miejską, jatki i dwa rzędy kramów stanowiących podwaliny pod dzisiejsze Sukiennice. W kramach tych handlowano drogocennym suknem, sprowadzanym z Zachodniej Europy, głównie z Niemiec i Flandrii.
Na mocy przywileju Władysława Łokietka, handel suknem mógł odbywać się na ściśle określonych zasadach – tylko między kupcami z zewnątrz a kramarzami dzierżawiącymi kram od miasta. Dzierżawa kramu była dziedziczna z ojca na syna i z tego tytułu dzierżawiący płacili czynsz dzierżawny na rzecz króla i miasta.
Ze względu na wysoki koszt sukna i możliwe kradzieże, wozy przybywających kupców zamykane były między dwoma rzędami kramów, przestrzeń między kramami była zadaszona by uchronić konie i wozy przed deszczem.
W latach 1380 – 1400 bryła Sukiennic została ujednolicona przez Marcina Lindentoldego. Dostęp do wnętrza był możliwy tylko od krótszych boków (dzisiejsze ul. Bracka i św. Jana). Szerokość budowli umożliwiała swobodne minięcie się wozów wewnątrz Sukiennic.
W 1555 roku wybuchł na Rynku pożar, który znacznie uszkodził Sukiennice. Spłonął dach, zawaliły się sklepienia, zniszczone zostały wnętrza murów.
Odbudowę, już za czasów Zygmunta Augusta, powierzono Janowi Marii il Mosca, zwanego Padovano. Jan Maria Padovano buduje obiekt niewiele różniący się od dzisiejszego. Na parterze handel zarezerwowany jest dla tych, posiadających własne kramy, na pierwszym piętrze mogą sprzedawać swoje towary kupcy i rękodzielnicy, nie posiadający własnych kramów.
Jan Maria Padovano, pomny na niedawny pożar, zaopatrza nowe Sukiennice w przepiękną, wysoką attykę i zdobi ją kwiatonami oraz powykrzywianymi głowami zw. maszkaronami.
Pół wieku po wybudowaniu Sukiennic, w 1601 roku Joachim Ciepielowski wykonuje poprzeczne przejście, mające usprawnić ruch na Rynku.
Dobry okres prosperity kończy się wraz z upadkiem politycznym i gospodarczym Krakowa. Sukiennice stopniowo podupadają, oblepione prowizorycznymi budkami stają się magazynem towarów oraz miejscem pospolitego handlu.
W pierwszej połowie XIX wieku władze Krakowa decydują o rozbiórce zrujnowanych budynków. Tak właśnie z powierzchni Rynku zniknęły kramy bogate, budynek wielkiej wagi oraz ratusz, po którym przetrwała tylko wieża. Sukiennice, na szczęście, uniknęły podobnego losu. Za sprawą miłośników Krakowa, świadomych istotnej wagi obiektu, m. in. Jana Matejki i prezydenta Józefa Dietla, Sukiennice doczekały się gruntownego remontu.
Prace powierzono młodemu architektowi, Tomaszowi Prylińskiemu, który w 1875 roku, posługując się planami Jana Matejki nadał współczesny wygląd Sukiennicom.
Dziełem Tomasza Prylińskiego są ryzality, wydłużone przejście poprzeczne, reprezentacyjna klatka schodowa oraz nowe maszkarony wyobrażające prezydentów Krakowa Józefa Dietla i Mikołaja Zyblikiewicza. Od strony ul. Szewskiej umieszczone zostały napisy po łacinie:
'Natale solum dulcedine cunctos ducit et immemores non sinit esse sui' (Nasz kraj przepełnia nas niezwykłą słodyczą i nigdy nie pozwala zapomnieć że do niego należymy [Ovid])
oraz
'Illa non est civitas cum leges in ea nihil valent cum mos occidit patrius'
Prace konserwacyjne zakończone zostały po czterech latach w 1879 roku. Otwarcie gmachu zbiegło się z rocznicą pracy twórczej Józefa Ignacego Kraszewskiego. Władze Krakowa uhonorowały pisarza wydając bankiet na pierwszym piętrze odremontowanego budynku. Zaprosiły więc artystę, mieszkającego wówczas w Dreźnie. Na owym spotkaniu był również Henryk Siemiradzki, młody wówczas lecz już bardzo znany malarz. On też zaproponował, żeby w tych przestronnych salach zorganizować wystawę dzieł współczesnych mu malarzy i rzeźbiarzy a także gromadzić pamiątki związane z Polską i Krakowem. Jako dowód swych słów ofiarował przez siebie namalowany obraz 'Pochodnie Nerona'. Wkrótce pojawili się następni a pierwsze piętro zyskało nowe funkcje, jako pomieszczenie dla nowo powstałego Muzeum Narodowego. Dziś, po ponad stu latach Sukiennice są jedną z najchętniej oglądanych galerii w Polsce. Wśród znanych nazwisk są Marcello Bacciarelli, Piotr Michałowski, Jan Matejko, Tadeusz Ajdukiewicz, Józef Chełmoński, Władysław Podkowiński, Jan Stanisławski i wielu, wielu innych.
Historia Sukiennic wciąż trwa. W 2005 roku rozpoczęto przebudowę płyty rynku i w związku z tym przeprowadzono wykopaliska archeologiczne. Po badaniach urządzono pod Rynkiem Głównym Muzeum Podziemia Rynku. Lekko przebudowano więc Sukiennice, od strony narożnika najbliższemu Kościołowi Mariackiemu przebito się poniżej piwnic wykonując wejście do Podziemi Rynku.