Początki krakowskiego ratusza sięgają roku 1257, kiedy to Bolesław Wstydliwy lokuje Rynek i przylegające doń ulice. Ale czy dzisiejsza wieża ratuszowa pochodzi z czasów lokacji – prawdopodobnie nie. Pierwszy ratusz był pewnie budowlą drewnianą i zlokalizowany był w południowej części Rynku. Spłonął on w 1306 roku.
Zapewne po pożarze rozpoczęto budowę dzisiejszej budowli. Pierwsze wzmianki o nowym ratuszu pochodzą z 1316 roku. Budowa trwała długo, następne informacje o ratuszu pochodzą już z 1383, kiedy to legat papieski Dymitr, nadaje ołtarzowi w kaplicy ratuszowej szczególne odpusty.
W ciągu wieków ratusz był rozbudowywany. Za czasów Zygmunta Starego wzniesiono spichlerz i kabaty, za króla Jana Sobieskiego podwyższono wieżę o istniejącą do dziś część zegarową i nakryto barokowym hełmem.
Pod ratuszem miejskim znajdowała się tzw. piwnica świdnicka, nazwana tak ze względu na sprzedawane tu piwo sprowadzane ze Świdnicy. W XVIII wieku piwnica nie cieszyła się najlepszą sławą, była bowiem oddzielona od więziennych lochów jedynie murem.
Sytuacja polityczna i gospodarcza Polski odbiła się negatywnie na wyglądzie i stanie technicznym wielu budynków. Podobny los spotkał i ratusz, który decyzją Senatu Wolnego Miasta Krakowa miał zostać rozebrany. W 1817 roku rozpoczęto rozbiórkę, a pozyskany materiał sprzedawano na licytacji, aby podratować zubożałą kiesę miasta. Z całego budynku pozostała tylko wieża, istniejąca po dzień dzisiejszy oraz rozległe piwnice.
W roku 1967 gruntownie odnowiono zabytek, dodając charakterystyczne wykusze projektu Wiktora Zina, po czym przeznaczono obiekt Muzeum Historycznemu. Wieża dostępna jest do zwiedzania prawie cały rok (z wyjątkiem stycznia i lutego). Do zwiedzania przeznaczono cztery sale, którymi są:
• Sala skarbca (parter) - gotycka izba w której przechowywano insygnia rajców miejskich. Tutaj, na wschodniej ścianie zachowało się 14 gmerków (znaków cechów kamieniarskich) z 1444 roku, będących unikatem w skali światowej.
• Sala na pierwszym piętrze - znajduje się tu ekspozycja prezentująca dzieje krakowskiego samorządu.
• Sala drugiego piętra - przedstawione tutaj zostały repliki strojów rajców miejskich
• Sala trzeciego piętra - piętro zaadoptowane zostało pod wystawę fotografii archiwalnych z zakładów Ignacego Kriegera, Stanisława Kolowcy i Henryka Hermanowicza. W sali można zobaczyć wygląd Krakowa w XIX wieku.
• Czwarte piętro - można tutaj zobaczyć mechanizm zegara, ów dzisiejszy pochodzi z roku 1967 i został ufundowany przez Krakowską Izbę Rzemieślniczą. Z tego piętra roztacza się równiez piękna panorama Krakowa.