Na lata 1887 - 91 przypada wielka restauracja Kościoła Mariackiego. Głównym architektem odnowy zostaje Tadeusz Stryjeński, natomiast nad wystrojem wnętrza czuwało wielu znakomitych polskich artystów: Jan Matejko, Zygmunt Langman, Stanisław Wyspiański, Józef Mehoffer, Tadeusz Dmochowski i wielu innych...więcej
   Jan Matejko wykonał dla kościoła przepiękną polichromię wyobrażającą anioły trzymające instrumenty muzyczne oraz szarfy z wersetami Litanii Loretańskiej (w prezbiterium) oraz Antyfony (w nawie głównej). Dodatkowo ściany zdobią namalowane herby Krakowa, Uniwersytetu Jagiellońskiego oraz licznych krakowskich cechów (cieśli, paśników, księgarzy, białoskórników, szewców, ślusarzy, murarzy, krawców, piekarzy, kaflarzy, tokarzy, rękawiczników, postrzygaczy, kowali, kramarzy i ludwisarzy). Na służkach w nawie głównej widnieje ornament wyobrażający litery I i B oraz herb Osorya nawiązujące do postaci księdza kanonika Juliana Bukowskiego, fundatora odbudowy nawy głównej.
   Przy opracowaniu polichromii i jej malowaniu pomagali Matejce, wówczas młodzi, bo zaledwie dziewiętnastoletni uczniowie Stanisław Wyspiański i Józef Mehoffer. Oni to wykonali wspólnie witraże zdobiące okno nad chórem zakonnym. Oni tez startowali w konkursie na projekt witraży w pierwszych od strony ołtarza głównego witrażach na ścianach bocznych. Ostatecznie jednak wybrano Tadeusza Dmochowskiego, który zaprojektował witraże z wizerunkami Matki Boskiej Częstochowskiej i Matki Boskiej Ostrobramskiej.
  Podczas renowacji uratowano pozostałe witraże z XV wieku. Owe szkła pieczołowicie zrekonstruowano i w liczbie 120 umieszczono w absydzie kościoła.

   Literatura:


• Bałus Wojciech, Sztuka sakralna Krakowa w wieku XIX, cz.2 Matejko i Wyspiański', Kraków 2007.

• Katalog Zabytków Sztuki w Polsce, t. IV Miasto Kraków, cz. 2 Kościoły i Klasztory Śródmieścia, red. Adam Bochnak i Jan Samek