Projekt architektoniczny Feliksa Księżarskiego został zrealizowany w latach 1883-87. Budynek powstał na miejscu po byłych bursach studenckich min., Bursie Jeruzalem fundacji Zbigniewa Oleśnickiego. Utrzymany w stylu neogotyckim budynek został z wielkim talentem wkomponowany w zabudowę Dzielnicy Uniwersyteckiej poprzez liczne nawiązania do najstarszych budynków krakowskiej Alma Mater (Collegium Maius i Collegium Minus). Wykonano projekt w cegle, zastosowano wdzięczny ryzalit oraz wykorzystano na fasadzie herbów dobrodziejów Uniwersytetu Jagiellońskiego:

• Herb papieża Urbana V (autora bulli zezwalającej na powstanie Akademii Krakowskiej)
• Herb dynastii Andegawenów (królowej Jadwigi, która testamentem zapisała swe klejnoty na odnowienie uczelni)
• Herb książąt brzesko-kujawsko (króla Kazimierza Wielkiego założyciela Akademii w roku 1364)
• Pogoń herb Litwy (herb Władysława Jagiełły, autora reaktywacji uczelni w roku 1400)
• Bróg (herb biskupa krakowskiego Piotr Wysza, który został egzekutorem testamentu królowej Jadwigi)
• Topór (herb kasztelana krakowskiego Jaśka z Tęczyna również wykonawcy testamentu królowej Jadwigi)
• Leliwa (herb królowej Elżbiety z Pilczy Granowskiej żony Władysława Jagiełły)
• Śreniawa (herb biskupa kujawskiego Mikołaja Kurowskiego)
• Pilawa (herb podkanclerzego Klemensa z Moskorzewa)

   Na frontonie budynku umieszczono również oficjalny herb Uniwersytetu Jagiellońskiego : postać św. Stanisława nad tarczą.
   Historia budynku podczas drugiej wojny światowej została naznaczona wydarzeniem znanym pod nazwą  Sondeaktion Krakau. 6 listopada 1939 roku wezwani na wykład do Sali nr 56 pracownicy Uniwersytetu Jagiellońskiego zostali zaaresztowani i wywiezieni do obozu koncentracyjnego. Wielu z nich nie przeżyło obozu, pamięć o nich podkreśla tablica w Sali nr 56.
   Aktualnie w Collegium Novum znajduje się rektorat, dziekanaty, kwestura oraz sale posiedzeń. W rozległej auli, mieszczącej się na drugim piętrze, można podziwiać dzieła takich artystów jak Jan Matejko 'Rozmowa astronoma Kopernika z Bogiem”, portrety Józefa Szujskiego, Józefa Dietla i Stanisława Taranowskiego (rektorów UJ), Leopold Loeffler portrety Kazimierza Wielkiego i Władysława Jagiełły, Anton Piotrowski portret królowej Jadwigi . Aula jest miejscem uroczystych inauguracji roku akademickiego, posiedzeń, promocji doktorskich oraz sesji naukowych.