Kościół p.w. Świętej Trójcy, zwany przez krakowian kościołem trynitarzy bądź kościołem bonifratrów, zaprojektowany został w połowie XVIII wieku przez Franciszka Placidiego. Dwuznaczność nazwy wynika z zasiedlenia przez kolejnych gospodarzy.
  Pierwszymi mieszkańcami byli zakonnicy ze zgromadzenia Zakonu Świętej Trójcy od Wykupu Niewolników (zwanymi popularnie trynitarzami). Sprowadził ich do Krakowa z Lwowa w roku 1688 biskup krakowski Jan Małachowski. Początkowo trynitarze mieszkali w gościnie u OO. Dominikanów, w roku 1689 otrzymali od starosty oświęcimskiego Józefa Adama Lubowieckiego kamienicę w Kazimierzu. W latach następnych zgromadzenie posiada już kolejne kamienice (Wacławikowską i Fryznerową) - dar Andrzeja Ryntha oraz sąsiednie, ofiarowane przez rodziny Bociszewskich i Cieszkowskich. W 1741 roku z fundacji wojewodziny inflanckiej Heleny Morsztynowej rozpoczyna się budowa kościoła według projektu Franciszka Placidiego. Konsegrował budowlę sufragan krakowski Franciszek Potkański w roku 1758.

  Zakon Świętej Trójcy od Wykupu Niewolników wymiera pod koniec wieku, w 1796 świątynia stała się na krótko magazynem dla wojska, by szesnaście lat później dekretem księcia warszawskiego Fryderyka Augusta zostać przejęta brzez zakonników z Zakonu Szpitalnego Świętego Jana Bożego Ordo Hospitalarius Santi Joannis de Deo (zwanych popularnie bonifratrami). Dzieje kościoła i klasztoru są więc nie tyle historią jednego, co dwóch zakonów.
  Bonifratrów do Krakowa sprowadził już w 1609 roku kupiec włoski Walerian Montelupi (Wilczegórski), zamieszkiwali oni budynki przy kościele św. Urszuli i św. Jana Bożego na ul. św. Jana, przeprowadzka do zabudowań potrynitarskich w roku 1812 pozwoliła bonifratrom rozwinąć działalność. Mając w regule zakonnej pomaganie przez leczenie, dążyli do stworzenia szpitala. Istotnie, obok świątyni znajduje się obecnie szpital zaprojektowany przez Teodora Talowskiego w latach 1897-1906.

  Pamiątką po pierwszych gospodarzach - trynitarzach jest samo wezwanie Świętej Trójcy oraz wygląd kościoła. Zakonnicy, powołani do wykupu niewolników, stworzyli niewielką świątynię, dla której zamówili polichromię przedstawiającą wykup jeńca przez św. Jana z Mathy z rąk Turków. Twórcą malowideł wybrany został Józef Piltz z Holochovia na Morawach, który optycznie powiększył świątynię, tworząc polichromię iluzjonistyczną. Malowidła na sklepieniu prezbiterium przedstawiają Najświętszą Pannę Marię Niepokalanie Poczętą w otoczeniu aniołów. Na sklepieniu nawy głównej scena figuralna: wykup więźnia chrześcijańskiego przez św. Jana z Mathy na tle architektury - konstrukcji ze schodami, wieżą, lochami i kolumnami. Na trzonach attyk w technice en grisaille symboliczne wyobrażenia cnót trynitarskich - rezygnacja z bogactwa, dobrowolne oddanie się w niewolę za chrześcijanina, gotowość na śmierć męczeńską oraz podporządkowanie założeniom zgromadzenia.

  Sam kościół jest późnobarokową jednonawową bryłą ze zredukowanymi kaplicami bocznymi p.w. św. Heleny z obrazem patronalnym z drugiej połowy XVIII wieku, w zwieńczeniu św. Jan Nepomucen, św. Rodziny z obrazem patronalnym z trzeciej ćwierci XVIII wieku z wizerunkiem św. Katarzyny Aleksandryjskiej w zwieńczeniu , Matki Boskiej z obrazem patronalnym w sukience z papier-mâché i wizerunkiem św. Pawła w zwieńczeniu, św. Jana Bożego, św. Kajetana, św. Judy Tadeusza.
  W ołtarzu głównym widnieje osiemnastowieczna figura Jezusa Chrystusa w pozie Ecce Homo z relikwiami Krzyża Świętego, św. Józefa Kalasantego oraz błogosławionego Władysława z Gielniowa. W 1758 roku w kościele zostały przez biskupa sufragana krakowskiego Franciszka Potkańskiego poświęcone relikwie św. Teodora i św. Blandy. Ogłoszony wówczas przywilej odpustu 40-dniowego uzyskiwany jest po nawiedzeniu ołtarza św. Kajetana w trzecią niedziele listopada.
  Szpital bonifratrów zbudowany na przełomie XIX i XX wieku na miejscu dawnych ogrodów zawdzięcza swe istnienie przeorowi zakonu Laetusowi Bernatkowi. To Ojciec Bernatek zaproponował uczczenie jubileuszu pięćdziesięciolecia panowania cesarza Franciszka Józefa fundacją obiektu użyteczności publicznej. Teodor Talowski zaprojektował całość funkcjonalnego budynku z dwudziestotrzyosiową fasadą i kaplicą na osi. Na kamiennym prostokątnym portalu w centrum popiersie św. Jana Bożego, witraż z przedstawieniem Matki Boskiej oraz daty panowania cesarza 1848-1898 i gryfy z herbami: Austro-Węgier, Polski, Krakowa oraz godło zakonu bonifratrów.