Odmianą dla surowej nawy są bogato dekorowane boczne kaplice:

  Wieczerzy Pańskiej (także p.w. św. Franciszka Borgiasza) - wezwanie nawiązuje do trzeciego generała zakonu Jezuitów, aktywnego przedstawiciela kontrreformacji. Beatyfikacja w 1624 oraz kanonizacja w 1670 roku zbiegła się z ukończeniem budowy kościoła. Sklepienie nawiązuje do działalności Franciszka Borgiasza: 1) Franciszek Borgiasz udzielający komunii, 2) Wizja Franciszka Borgiasza, 3) Franciszek Borgiasz przy łożu chorego, 4) Franciszek Borgiasz i demon na łożu.

  Michała Archanioła - kaplicę zdobi obraz św. Michała Archanioła. Kaplica posiada ciekawe, bogato zdobione sklepienieze stiukami wyobrażającymi anioły a ponadto malowidła ukazujące Wniebowzięcie NMP, Boże Narodzenie, pasterzy, Zwiastowanie NMP?(malowidło zatarte - widoczna jest postać anioła naprzeciwko siedzącej postaci), ???(malowidło całkowicie nieczytelne, widoczna jedynie postać anioła w górnej części obrazu).

  Trójcy Świętej (Franciszka Ksawerego) - wezwanie nawiązuje do jednego z założycieli zakonu Jezuitów, na paryskiej Sorbonie poznaje Ignacego Loyolę, tworząc podwaliny pod przyszłe zgromadzenie. Obecne wezwanie Trójcy Świętej jest wtórne i związane z objęciem patronatu przez bractwo Trójcy Świętej. Sklepienie w formie ornamentu okuciowego z motywami roślinnymi wypełnione jest czterema malowidłami nawiązującymi do działalności świętego Franciszka Xawerego: 1) Franciszek Ksawery na tle morza (nawiązanie do misji świętego na Dalekim Wschodzie), 2) Wizja Franciszka Xawerego, 3) Franciszek Ksawery przy łożu chorego/zmarłego, 4) malowidło nieczytelne.

  Męki Pańskiej - została wyposażona przez kustosza Katedry Wawelskiej Sebastiana Komeskiego.

  Madonny Loretańskiej - fundowana przez burgrabiego Andrzeja Czarneckiego w I poł. XVII w. Ołtarz w kaplicy zdobią obrazy ukazującą Matkę Boską Loretańską oraz 'Cudowne przeniesienie Domku Matki Boskiej z Nazaretu do Loreto'.

  Ignacego Loyoli - baskijskiego świętego, założyciela zakonu jezuitów. Obraz w ołtarzu ukazuje patrona kaplicy oraz sceny z jego życia, obraz w zwieńczeniu ukazuje Trójcę Świętą w otoczeniu aniołów. Sklepienie zawiera cztery trudne do zinterpretowania malowidła ukazujące sceny z życia świętego: malowidło 1, malowidło 2, malowidło 3, malowidło 4.

  Ponadto w transepcie znajdują się jeszcze dwie kaplice:

  Świętej Anny - północna (lewa) strona kościoła

  Świętego Stanisława Kostki - południowa (prawa) strona kościoła; kaplica urządzona została w roku 1639 w związku z wprowadzeniem relikwi tegoż świętego do kościoła. Obraz w ołtarzu ukazuje 'Wizję św. Stanisława Kostki' a powyżej 'Święty Stanisław Kostka wśród jezuitów'.