Synagoga ta, podobnie jak pobliska synagoga Kupa zostały utworzone na powiększonym obszarze Dzielnicy Żydowskiej (Oppidum Judeorum) w pierwszej połowie XVII wieku. Jej fundatorem jest Izaak Jakubowicz (Ajzyk reb Jekeles), który rozpoczął budowę w 1638 roku. Rozszerzenie Oppidum Judeorum wywoływało wiele protestów ze strony sąsiadujących chrześcijan, w tym ówczesnego prepozyta kanoników regularnych laterańskich ks. Marcina Kłoczyńskiego oraz biskupa Jakuba Zadzika. W wyniku ich protestu budowę wstrzymano w 1640 i dopiero wstawiennictwo króla Władysława IV umożliwiło fundatorowi na zrealizowanie swego planu. Prace budowlane nad synagogą ukończono w 1644 roku. Architektem, zdaniem historyków sztuki, jest Jan Laitner.
  W czasie II wojny światowej wnętrze synagogi zostało zniszczone a przedmioty liturgiczne rozgrabione. Okres powojenny też nie był dla bożnicy łaskawy. W latach 1952-6 swoją siedzibę miał tutaj Związek Artystów Plastyków. Znajdowała się tutaj pracownia rzeźbiarska oraz rekwizytornia Teatru Stu. Związek nie inwestował w budynek, który popadał w ruinę. W roku 1989 Gmina Żydowska odzyskała bożnicę i przeprowadziła kapitalny remont. Odsłonięte zostały pozostałości polichromii oraz zrekonstruowane stiuki. Przywrócona do pierwotnego stanu synagoga pełni dziś funkcje rytualne, w przedsionku zaś znajduje się jedyny w Krakowie sklep koszerny.

  Literatura:

  Bóżnica Izaaka (Ajzyka Jakubowicza) w: Katalog Zabytków Sztuki w Polsce, t. IV, cz. IV, Kazimierz i Stradom, Judaica: bóżnice, budowle publiczne i cmentarze, red. Izabella Rejduch-Samkowa i Jan Samek, Warszawa 1995, s. 24-26