Zgromadzenie OO. Misjonarzy św. Wincentego à Paulo sprowadzono do Polski za sprawą królowej Ludwiki Marii Gonzagi w roku 1651. Do Krakowa ojcowie przybyli w 1681 dzięki wstawiennictwu biskupa krakowskiego Jana Małachowskiego. Początkowo osiedlili się na Wawelu, gdzie sprawowali opiekę nad seminarium duchownym. Świątynię w obecnym kształcie rozpoczęto budować w latach 1719-28 dzięki fundacji biskupa Michała Szembeka. Projekt dla OO. Misjonarzy przygotował Kacper Bażanka, który wykorzystał swoją wiedzę w zakresie korekty optycznej, dzięki czemu bryła kościoła doskonale prezentuje się w skrócie perspektywicznym. Barokowa fasada nawiązuje do rzymskiego dzieła Giovanni Lorenza Berniniego kościoła S. Andrea al. Quirinnale. Projekt Bażanki zakładał zbudowanie dwóch wież od strony ulicy Stradomskiej. Do wykonania wież nigdy nie doszło, a w XX miejsce po nierozpoczętych wieżach uzupełniono współczesną attyką i przyczółkiem (projekt Witora Zina oraz Stanisława Murczyńskiego).
  Wnętrze posiada wystrój barokowy, Kacper Bażanka poszerzył optycznie kubaturę jednonawowej świątyni, wykorzystując zwierciadła. W ołtarzu głównym znajduje się obraz, wyobrażający scenę nawrócenia św. Pawła pędzle Tadeusza Kuntze (Konicza). Dziełem Tadeusza Kuntze są również: „Śmierć św. Józefa”, św. Wincenty à Paulo, św. Jan Nepomucen. W kościele podziwiać można obrazy Łukasza Orłowskiego (św. Michał Archanioł) oraz Wojciecha Eljasza (św. Kazimierz, Matka Boska).
  Kościół posiada ciekawą polichromię (patrz galeria). Poszczególne przęsła sklepienia ukazują:
  • Wiarę ze świętym Wojciechem i świętym Stanisławem ze Szczepanowa,
  • Nadzieję z błogosławionym Wincentym Kadłubkiem i świętym Jozafatem Kuncewiczem,
  • Miłość ze świętym Janem Kantym i świętym Kazimierzem.

  Na prośbę zwiedzających Ojcowie Misjonarze udostępniają niewielkie muzeum, w którym eksponują, obok przedmiotów przywiezionych z misji, obraz autorstwa Marcina Kobera przedstawiający Stefana Batorego. Obraz uważany jest za najlepszy przykład portretu sarmackiego.
  Ojcowie Misjonarze mają w Krakowie trzy placówki, pierwszy, opisany powyżej, drugi na ul. św. Filipa, trzeci przy ul. Juliusza Lea.