Kościół romański powstał w niedużej odległości od innych osad - związanych z kościołami św. Wojciecha, św. Krzyża, św. Jana. Główną przyczyną odrębnego funkcjonowania tychże osad była sieć obronnych częstokołów zbudowanych z wykorzystaniem naturalnej sieci wodnej. W przypadku kościoła św. Mikołaja skarpa wyniesiona była nad koryto Prądnika, kóry na wysokości Blichu (ul. Wielopole) uchodził do głównego koryta Wisły. Budowa świątyni na suchym terenie przy trakcie, prowadzącym do Mogiły, a dalej do Sandomierza i Wiślicy, była naturalną konsekwencją zaludniania się takich właśnie miejsc. Lokacja Krakowa pozostawiła osadę mikołajską poza fortyfikacjami nowego miasta, dlatego też na planach nowożytnych można było jeszcze odczytać układ dróg i gruntów typowych dla okolnicy słowiańskiej (oczywiście po wielu przebudowach i zmianach, będących wynikiem ataków wroga i podpaleń).
Najstarsza wzmianka o kościele pochodzi z 1229 roku, kiedy to jako własność benedyktynów z Tyńca wymieniona zostaje świątynia w bulli papieża Grzegorza IX. Ślady archeologiczne dowodzą, iż już w XII wieku istnieje w tym miejscu romański budynek o niedużych rozmiarach. Dalsza historia kościoła to przeplatanka pożarów i zniszczeń oraz następujących po nich odbudów. W 1467 roku świątynię przejęła Akademia Krakowska, budynek po wielokrotnych zmianach stał się obiektem o niezbyt udanych proporcjach, barokowym wyposażeniu, w 1906 dobudowano nawę południową, co przydało kościołowi ciężaru kompozycji.
Fasadę zachodnią zdobią w niszach figury św. św. Piotra i Pawła, zaś ołtarz główny jest domeną patrona świątyni, czyli św. Mikołaja. Kulisowo rozwiązany ołtarz projektu Franciszka Placidiego uzupełniają pełnopostaciowe rzeźby Ojców Kościoła Wschodniego: św. Bazylego, św. Grzegorza z Nazjanzu, św. Jana Damasceńskiego oraz św. Jana Chryzostoma. W stallach prezbiterialnych, pochodzących z XVIII wieku odczytać można sceny z życia Jezusa Chrystusa, podkreślono również związek z krakowską Alma Mater - na stallach widoczne herby Uniwersytetu Jagiellońskiego.
Starsze wyposażenie to brązowa chrzecielnica z 1536 roku oraz latarnia umarłych, przeniesiona z Placu Słowiańskiego (wcześniej przed kościołem św. Walentego na Kleparzu). Interesującym akcentem jest współczesny (z 2004 roku) pomnik krzyżony -ormiański chaczkar, ustanowiony na pamiątkę po rzezi Ormian w 1915 roku.
Literatura:
• Michał Rożek, Przewodnik po zabytkach Krakowa, WAM Kraków 2006
• Mieczysław Tobiasz, Pierwsze wieki Krakowa, Kraków 1974
Na co zwrócić uwagę:
• Chaczkar ormiański
• Latarnia zmarłych