Sanktuarium w Kalwarii Zebrzydowskiej oraz przynależące do niego Dróżki Kalwaryjskie sięgają roku 1600, kiedy to właściciel tych ziem, Mikołaj Zebrzydowski wybudował na stoku Góry Żarek kaplicę świętego Krzyża wg gipsowego odlewu przywiezionego z Jerozolimy przez swego dworzanina Hieronima Strzałę. Kaplica miała być miejscem odosobnienia dla fundatora i jego rodziny, tam, w Wielkim Poście, rodzina Zebrzydowskich miała przygotowywać się do świąt Wielkiej Nocy. Wkrótce Mikołaj Zebrzydowski zlecił wybudowanie również Grobu Chrystusa, a u podnóża góry niewielkiego kościoła i klasztoru dla sprowadzonych z Krakowa Ojców Bernardynów. Wkrótce też powstały kolejne kaplice. Natchnieniem dla Zebrzydowskiego mogła być lektura książki Adriana Cruysa (zw. Adrichomiuszem) opisująca Jerozolimę za życia Chrystusa.

   Rozbudowa drużek kalwaryjskich trwała przez kolejne trzy pokolenia. Po śmierci Mikołaja, pracami zajął się jego syn Jan, a następnie wnuk Michał. Do śmierci Michała Zebrzydowskiego w 1667 r. wszystkie planowane kaplice w liczbie 41 zostały wybudowane. Tak powstało założenie pasyjno-maryjne obejmujące tereny rozciągające się między Górą Żarek a Górą Lanckorońską. Wzniesienia nazwano odpowiednio Golgotą (Wzgórze Żarek), Górą Oliwną (Góra Lanckorońska), wzniesienie pod Ratuszem Piłata - Górą Moriah, a rzeczkę Skawinkę płynącą między tymi wzgórzami – Cedronem. Odległości między poszczególnymi punktami topograficznymi Kalwarii są nieco większe niż w samej Jerozolimie, poradzono sobie jednak w prosty sposób - przy zachowaniu proporcji matematyk ks. Feliks Żebrowski rozplanował obiekty na dróżkach.

   Anna, jedyna córka Michała Zebrzydowskiego wyszła za mąż za Jana Karola Czartoryskiego, w ten sposób, po jej przedwczesnej śmierci w 1668 dobra Zebrzydowskich przeszły w posiadanie rodziny Czartoryskich. Jan Karol Czartoryski ożenił się po raz drugi z Magdaleną z Konopackich. Magdalena rozbudowała kościół poprzez wydłużenie prezbiterium i dobudowanie dwóch wież od strony wschodniej. Od tego czasu nie uległa zasadniczo większym zmianom bryła kościoła, wnętrze natomiast z końcem XIX wieku zmieniło wygląd. Wskutek namoknięcia gipsowych stiuków, te zdjęto zastępując je polichromią mal. Włodzimierza Tetmajera.