Miasto Skała przez większą część swojej historii związane było z siostrami klaryskami, kiedy to błogosławiona Salomea, siostra Bolesława Wstydliwego, przeniosła klasztor z odległego Zawichostu i wpłynęła na brata by ten hojnie klasztor uposażył. Klaryskom też zawdzięcza miejscowość zdobycie praw miejskich, w 1267. Skała, leżąca na szlaku handlowym łączącym Kraków z Wielkopolską, czerpała pokaźne dochody z handlu, już w 1257 roku (czyli przed nadaniem praw miejskich) znajdowała sie w Skale komora celna.
Ze względu na liczne zagrożenia, jakie istniały w XIII i XIV wieku, głównie ze strony Tatarów, ówczesny książę Władysław Łokietek przeniósł zakonnice do Krakowa i oddał im kościół św. Andrzeja. Mimo przeniesienia sióstr do Krakowa Skała nie podupadła, pozostała silnym ośrodkiem handlu, rzemiosła i rolnictwa.
Trudne chwile dla Polski nastąpiły w 1655 roku podczas potopu szwedzkiego. Okres okupacji szwedzkiej przyniósł stagnację i zniszczenie wielu miast, zamków i warowni. Skała i znajdujące się w pobliżu zamki w Rabsztynie, Ojcowie, Pieskowej Skale również padły ofiarą ataków. Wiele miejscowości już nigdy nie odzyskało świetności sprzed potopu.
Kolejny trudny okres nastąpił w okresie zaborów. Po III zaborze Polski Skała znalazła sie w granicach Austrii, potem na krótko była częścią Księstwa Warszawskiego a po wojnach napoleońskich i po Kongresie Wiedeńskim przeszła w ręce carskiej Rosji.
Właśnie wojna wyzwoleńcza z Rosją wpłynęła na obraz Skały. W niedalekim Ojcowie, w 1863 roku, stacjonował obóz powstańczy Apolinarego Kurowskiego, potem Mariana Langiewicza. Po upadku powstania Styczniowego na Skałę spadły reperkusje, w 1870 roku straciła prawa miejskie.
Odzyskanie niepodległości przez Polskę okupione zostało ciężkimi walkami, m. in. w okolicach Skały. Jako miejscowość nadgraniczna stała się terenem walk żołnierzy rosyjskich i austriackich. II wojna światowa również odcisnęła swoje piętno, miasto zostało spalone przez Niemców na początku wojny. W trakcie wojny była ośrodkiem partyzanckiej walki żołnierzy AK i BCh. Po zakończeniu wojny i reformach rządu Skała włączona została wskład województwa krakowskiego. W 1987 roku Skała odzyskała prawa miejskie.
Dzisiejsza Skała to miasto liczące ok. 3500 mieszkańców. Historia odcisnęła ślad na wyglądzie miejscowości. W centrum miasteczka znajduje się kościół p.w. św. Mikołaja przy którym stoi drewniana dzwonnica. W odległości ok. 3 km. od centrum, w Grodzisku można podziwiać Pustelnię Błogosławionej Salomei. Miasto terytorialnie wkracza na teren Ojcowskiego Parku Narodowego granicząc z wsią Ojców.