Kościół p.w. śś. Małgorzaty Antiocheńskiej i Judyty, zwany jest potocznie gontyną św. Małgorzaty. Tradycja podaje, że budowla powstała na miejscu wcześniejszej świątyni, poświęconej pogańskiemu bogowi wiatru Poświstowi. Na ten fakt ma wskazywać również nazwa gontyna, która nawąizuje do słowa kącina, czyli pogańska świątynia. Kiedy powstał ten drewniany kościół, kryją wieki, zapewne jeszcze przed najazdem arcyksięcia Maksymiliana Habsburga, jako kaplica cmentarna dla ludzi zmarłych na zarazę. Pierwsze pewne dane mamy dopiero z roku 1680 roku, kiedy to ksieni Justyna Oraczowska wzniosła obecny kościół.
Kościół jest budowlą drewnianą, zbudowaną na planie ośmioboku, z wejściem od strony wschodniej. Posiada konstrukcję zrębową, niewidoczną jednak ze względu na współczesne oszalowanie. Przed wejściem do świątyni znajduje się pomnik św. Jana Pawła II, podpisany u podstawy następująco: Z tego miejsca 27 IV A.D. 1952 ks. dr Karol Wojtyła wyruszył ze studentami na pierwszą wycieczkę do Mnikowa rozpoczynając szlak papieskich wędrówek po kraju i świecie.
Pomnik ten powstał z inicjatywy i fundacji ks. inf. Jerzego Bryły, bliskiego współpracownika ks. kardynała Karola Wojtyły w Wydziale Katechetycznym Kurii Metropolitarnej w Krakowie w 30-lecie wyboru na Stolicę Piotrową.
Odsłonięty 2 IV A.D. 2008 przez ks. prałata Stefana Misińca proboszcza parafii Najświętszego Salwatora i panią Urszulę Łasiuk prezesa fundacji szlaków papieskich.
Poświęcony przez fundatora.
Zwiedzanie: w pierwszą i trzecią niedzielę miesiąca przed lub po mszy świętej.
Literatura:
• Katalog Zabytków Sztuki w Polsce, t. IV Miasto Kraków, cz. VII Zwierzyniec, Nowy Świat, Półwsie Zwierzynieckie, Kościoły i Klasztory, red. Joanna Daranowska-Łukaszewska i Renata Henoch-Marendziuk, Warszawa 1995
• Lenczowski Janusz Zwierzynieckie Sacrum. Kościół Najświętszego Salwatora. Kaplica śś. Małgorzaty i Judyty, Kraków 2010