Projekt architektoniczny Collegium Physicum Gabriela Niewiadomskiego został zrealizowany w latach 1908-1911. Budynek na ul. Gołębiej 13 powstał dzięki staraniom dyrektora Zakładu Fizycznego Uniwersytetu Jagiellońskiego Augusta Witkowskiego i to jego imię nosi od roku 1913 na wniosek organizacji studenckich. Wcześniejsze pracownie Collegium Physicum na ul. św. Anny 6, niemi świadkowie dokonań naukowych poprzedniego dyrektora Zygmunta Wróblowskiego oraz jego współpracownika Karola Olszewskiego, były zbyt małe i słabo wentylowane. Aspekt przewiewności oraz obecności światła dziennego był szczególnie istotny dla zakładów naukowych, gdzie wentylacja przy eksperymentach silnikami i pompami oraz obserwacje bezpośredniego działnia promieni słonecznych na materię były komponentami, a niejednokrotnie warunkami udanej próby.

  Budynek ma kształt litery L, ramię 48-metrowe biegnie wzdłuż ul. Gołębiej, bok krótszy zamyka perspektywę Plant. Na frontonie budynku umieszczono oficjalny herb Uniwersytetu Jagiellońskiego : postać św. Stanisława nad tarczą. Nad drzwiami wejściowymi znajduje się witraż z wyobrażeniem Perkuna- bałtyjskiego boga niebios, ognia i plodności zaprojektowany przez Witolda Rzegocińskiego. W górnej części portalu drzwiowego umieszczono rzeźby sowy z wężem w pazurach oraz bazyliszka.

  Wyposażenie w 1911 roku objęło telefon, dzwonki elektyrczne, windę osobową, meble wykonane w pracowni Stefana Iglickiego, salę stałych temperatur. Po śmierci Augusta Witkowskiego w roku 1913 komisja dziekańska odkryła w sejfie pracowni próbki radu, prawdopodobnie zachowane przez dyrektora Zakładu po IX Zjeździe Lekarzy i Przyrodników Polskich w 1900, na który z referatem przybyła Maria Skłodowska-Curie.

  Pierwsza wojna światowa stała się dla Collegium Witkowskiego czasem trudnym - w części pomieszczeń zorganizowano lazaret wojskowy. Wedle poświadczeń pracowników Zakładu od tamtego czasu ma się w murach szacownego Instytutu pojawiać mara - agregor, metafizyczne odbicie przeżyć pacjentów szpitala.

  Druga wojna światowa przyniosła pracownikom Uniwersytetu Jagiellońskiego zamach na wolność osobistą - w ramach działań pod kryptonimem Sonderaktion Krakau w dniu 6 listopada 1939 roku zaaresztowano i wywieziono do obozu Sachsenhausen pod Oranienburgiem. Z kadry Collegium Witkowskiego w 1939 umiera wskutek ran, poniesionych podczas walk w obronie Warszawy dr hab. Stanisław Dobiński, dr hab. Dobiesław Doborzyński zostaje rozstrzelany w obozie koncentracyjnym Auschwitz-Birkenau w Oświęcimiu w 1942r. Sam budynek został przejęty przez Urząd Powiernika Uniwersytetu i przekazany Instytutowi Pracy na Wschodzie. Uroczyste otwarcie tego ostatniego przez prezydenta zakładu generalnego gubernatora GG Hansa Franka nastąpiło 20 kwietnia 1940 roku. Przewieziono do Collegium Witkowskiego wyposażenie Zakładu Wychowania Fizycznego z ul. Zyblikiewicza 5 oraz zbiór bibliotecny Instytutu Orientalistyki UJ. Wyposażenie Zakładu Fizycznego było stopniowo konfiskowane i wywożone jako wyposażenie do szkół dla dzieci niemieckich urzędników GG.

  Tajne nauczanie w Zakładzie Fizycznym rozpoczęto wiosną 1944 roku, z braku możliwości zajęcia obejmowały wyłącznie zagadnienia teoretyczne. W składzie osobowym szczególnie podkreślają studenci "latającego uniwersytetu" zasługi profesorów Konstantego Zakrzewskiego, Jana Weyssenhoffa, docenta Arkadiusza Piekary, doktora Adama Bieleckiego oraz magistra Jerzego Gieruli.

  Powrót do zorganizowanego kształcenia nastąpił w marcu 1945 roku z inicjatywy dyrektora Instytutu Fizycznego profesora Konstantego Zakrzewskiego. Pracownie zostały wyremontowane dzięku dotacjom z Komitetu Popierania Twórczości Naukowej i Artystycznej przy Radzie Ministrów. Nie bez znaczenia były również związki z powstającymi strukturami Wojskowego Instytutu Technicznego (od 1952 roku Wojskowej Akademii Technicznej. Lata 50-te to również rewolucja dla skromnego budynku przy ul. Gołębiej 13, wprowadzą się do niego bowiem katedry historyczne, polonistyczne oraz psychologiczne (do 2002 roku). Jubileusz Uniwersytetu Jagiellońskiego to dla Instytutu Fizycznego czas przeprowadzki do nowoczesnego gmachu przy ul. Reymonta.