Muzeum Archeologiczne znajduje się w byłym klasztorze karmelitów bosych. Sam budynek ma dość skomplikowaną historię - po przeniesieniu karmelitów do podkrakowskiej miejscowości Czerna przeznaczony został na więzienie. W czasie II wojny światowej również pełnił funkcje więzienia, nazywanego więzieniem św. Michała. Po wojnie budynek stał się siedzibą Muzeum Archeologicznego.
Historia samej instytucji muzeum jest znacznie dłuższa. Potrzebę utworzenia muzeum, mającego za zadanie zabezpieczać ślady po polskiej historii, podejmowano juz w połowie XIX wieku. Rzecznikami sprawy byli światli przedstawiciele krakowskiej inteligencji, m. in. Wincenty Pol, Teofil Żebrawski, Karol Kremer. Rozpoczęto więc kolekcjonowanie różnego rodzaju przedmiotów. Ze względu na braki lokalowe kolekcję wielokrotnie przenoszono. Wśród adresów muzeum wymienić można ul. św. Anny, ul. Sławkowską 17. Dopiero w 1967 roku na potrzeby muzeum przeznaczono wspomniany wcześniej były klasztor karmelitów. Do najciekawszych eksponatów prezentowanych w Muzeum należą:
• Posąg Światowida ze Zbrucza - w 1848 roku w rzece Zbrucz na Podolu odkryty został posąg mierzący 257 cm wysokości. W trzy lata po odkryciu posąg przewieziono do Krakowa.
• Płacidła siekieropodobne z ul. Kanoniczej - w 1979 roku podczas remontu kamienicy przy ul. Kanoniczej 13 odkryto 4212 grzywien o łącznej wadze 3630 kilogramów. To największe znalezisko tego typu przedmiotów. Znalezisko od razu stało sie sensacją naukową, tego typu płacidła odkrywane były w różnych częściach środkowej Europy, nigdy jednak w tak wielkiej ilości. Ich powstanie datowane jest na okres od VIII do pocz. X wieku i są one dowodem na wielkie znaczenia, jakie już we wczesnym średniowieczu miał Kraków.
• Kolekcja przedmiotów ze Starożytnego Egiptu - kolekcja ta rozwijana była sukcesywnie od początku XX wieku. Z wyjątkiem sarkofagu kapłanki Nesu-Chonsu, ofiarowanego w 1834 roku Towarzystwu Naukowemu Krakowskiemu, pozostałe przedmioty uzyskiwane były w wyniku eksploracji prowadzonych w Egipcie z udziałem m. in. Polaków. W 1907 roku rozdzielono między Wiedeń, Budapeszt, Kraków i Kair przedmioty znalezione na stanowisku Al-Gamhud w Środkowym Egipcie. Zasługi przyniósł tutaj Tadeusz Smoleński, który wziął udział w wykopaliskach prowadzonych pod kierunkiem Gastona Maspero. Duża część kolekcji została zebrana przez Jarosława Sagana oraz żołnierzy przebywających w Egipcie podczas II wojny światowej.
• Kolekcja przedmiotów z Peru - kolekcja pochodzi z daru inżyniera Władysława Klugera, który przez sześć lat pracował w Peru przy budowie dróg i mostów. W 1880 roku Władysłw Kluger powrócił do rodzinnego Krakowa. Zbiór ponad 1000 przedmiotów ofiarował Akademii Umiejęności. Niedługo po ogłoszeniu darowizny chory na gruźlicę Wladysław Kluger umiera w wieku zaledwie 35 lat. Do dzisiaj z jego kolekcji przetrwały 233 przedmioty.
