Budynek kościoła należy do najstarszych zabytków Krakowa, został ufundowany w 1263 przez księcia Bolesława Wstydliwego dla sprowadzonych z Pragi zakonników. Wyznawali oni zasadę św. Augustyna, mieli propagować kult rycerzy-męczenników, walczących w Ziemi Świętej o uwolnienie Grobu Bożego z rąk mahometan. W Polsce konwent nazwano markami od części łacińskiej nazwy zgromadzenia Ordo Canonicorum Regularium S.Mariae Demetrii de Urbe de Poenitentia Beatorum Martyrum. Strój zakonny składał się z białego habitu, na którym widniało czerwone serce z krzyżem. W roku 1807 zakon wygasł po śmierci ostatniego z braci, zabudowania zostały przekazane księżom emerytom, przeniesionym tu ze zburzonego klasztoru Duchaków.
  Kościół ulegał wielu przebudowom, kilkukrotnie płonął, wystawiona w 1617 wieża z kruchtą wejściową przetrwała. Na absydzie od zewnątrz umieszczono kopię Golgoty, w kruchcie znajduje się kaplica Matki Boskiej Pocieszenia (na wyposażeniu późnobarokowy ołtarz). Interesującą częścią wyposażenia jest późnorenesansowy drewniany ołtarz główny, dzieło warsztatu Baltazara Kuncza z Krakowa. W centralnej części ołtarza umieszczono krucyfiks na tle Jerozolimy, według przekazów miał on przemówić do Michała Giedroycia, zwanego błogosławionym. Kult Michała Giedroycia ma swe korzenie w Krakowie już od wieku XVI, jednak dopiero w roku 1998 roku nastąpiło zamknięcie procesu informacyjnego w sprawie beatyfikacji, czego dokonał kardynał Franciszek Macharski.