La sinagoga fue construida en 1644 y recibió nombre de su fundador Isaac Jakubowicz. Fue edificada junto con la sinagoga Kupa, inmediatamente cuando el rey Ladislao IV Vasa ensanchado el teritorio de Oppidum Judeorum. El interior de la sinagoga es muy simple. La lleva los estucos de Juan Falconi y los restos de la policromia.
   Durante la Segunda Guerra Mundial fue destruida casi por completo. Hoy, en la sinagoga hay unica en Cracovia tienda con produjos kosher.

Creacion de la sinagoga explica una bonita leyenda. Segun la leyenda:

  Isaac Jakubowicz era un poquito loco. Y un dia informó su esposa que tenia sueño, segun el sueño en Praga, cerca de la Puenta de Karol hay un tesorro. Entonces va a cavar el tesorro. En este momento su esposa llora, su hijos lloran pero Isaac va! Cuando esta en Praga reconoce el lugar pero alrededor del lugar es demasiado gente. Si empieza cavar el tesorro, unos llama la policía. Pero por el camino ve una policia yendo, entonces pregunta para estar por diez minutos con el para justificar su trabajo. En este momento la policÍa dice: "Eres loco, en mi suenio veia un tesorro debajo de un horno". Isaac Jakubowicz se oriento que la policÍa dice sobre su casa. Regreso a Kazimierz, destruió el horno y encontro mucha oro. Por ese oro edifico la sinagoga.