La Universidad Jagellonica como otros universidades medievales tenía su templo - la iglesia bajo la advocación de Santa Ana. Por primera vez la iglesia fue mencionada en 1363 como un tiemplo dentro de la zona habitada por Judíos. Al principios del siglo XV los Judios fueron trasladados al norte de Cracovia cerca de la Plaza szczepański de hoy, en 1497 el tiemplo fue consumido por el fuego. En efecro el rey Juan Adalbert envió Judios a ciudad adyacente - Kazimierz.
  La iglesia de hoy fue construida entre los anos 1689-1695 segun el proyecto del arquitecto Tylman de Gameren. Su riqueza reflecta el periodo del barroco tarde. El interior tiene maravillosa policromia de Karol Dankwart y estucos de Baltazar Fontana. Doce Apostoles que adonan columnas de la iglesia son llamados no por sus nombres sino de precios piedras. Lo reflecta pensamiento, que Jerusalem esta edificada en doce fundamientos de piedras.
  Aqui descansa patron de la Universidad Jan de Kęty. Su ataud traen cuatro angeles - representando cuatro departamientos de la Universidad. La escena esta rodeada por cuatro columnas en que estan santos Juanes - Juan Baptista, Juan Evangelista, Juan de Damascus y Juan de Crisostom.
  El presbiterio es rodeado por seis capillas:

  Capilla de San Juan Baptista - pintada en 1700 por Innocenti Monti
  Capilla de San Pedro - fundada por Pedro Orłowski
  Immaculata - en el altar se coloco la estatua de Santa Maria Virgen. Arriba hay una ventanilla que da luz a la estatua.La policromia presenta Judita matando Holofernesy Estera con Achasveros.
  Capilla de Santa Catalina de Alessandria -
  Capilla de San Jose -
  Capilla de San Sebastian - fundada por Sebastian Piskorski.