La iglesia fue fundada en el año 1237 por el principe Boleslao el Tímido para los Padres Franciscanos. El principe los traidó de Praga y edifico pequeña iglesia detras de primera fortificación urbana. La primera iglesia fue construida en el plano de la cruz greco, probablemente como capilla funeral del fundador y su sucesores. En realidad aquí descansan Boleslao el Tímido, Leszek el Blanco y primer son del rey Ladislao el Breve - Esteban. Los reyes siguientes estan enterrado en la Catedral de Wawel.
En el año 1850 el tiemplo sufrió mucho durante un incendio. Hoy conserva maravillosa policromia y vitrales secessia, obra magnifica de Stanisław Wyspiański.
La policromia presenta motivos rusticales, Maria Virgen es vestida como aldeana. En el presbiterio y el nave hay pintado diversos flores: azulejos, cerrajas, tréboles, girasoles, amapolas, azucenas, manzanillas y otras especies. Los flores simbolisan campos y praderas rurales.
Los vitrales en el presbiterio representan San Francisco, beata Salome y cuatro elementos. Sobre la entrada principal hay obra maestra – el vitral “Dios Padre – ¡que se cumpla!”.
El presbiterio y el nave adonan pinturas de Władysław Rossowski. En presbiterio: el papa Honorius III con San Francisco de Asisi y Llegada de Franciscanos a Polonia. En el nave: Santa Kunegunda y Santa Jolanta (dos primeras clarisas en Polonia) y Educación de paganos por franciscanos y dominicanos.
En el templo descansan principes de la dinastia de los Piastos: Boleslao el Tímido(fundador), su esposa Santa Kinga, su hermana beata Salomea, Leszek el Negro y primer hijo del rey Ladislao el Breve – Esteban.
Con la iglesia es relacionado padre Maksymilian Maria Kolbe que trabajaba aqui entre 1919 y 1922. El padre fue matado por Alemanes en Auschwitz.
La iglesia es mas cerca de Palacio de los Obispos de Cracovia. Entre 1967 y 1978 Karol Wojtyla (luego Juan Pablo II) vivía en el palacio y rugaba en la iglesia. Hoy el Papa tiene "su banco" aquí.
En la iglesia hay tres capillas:
• Capilla de beata Salome - aquí descansa beata Salome y fundador de la iglesia principe Boleslao el Timido. Policromia de la capilla es de Józef Mikulski y Franciszek Górski.
• Capilla de Pasión de Cristo - edificada para conmemorar nacimiento del rey Ladislao IV Vasa. Aquí Józef Mehoffer pintó su obra maestra, estasiones del vía crusis. En la capilla descansa beata Aniela Salawa, aqui hay copia de Sudario de Turin.
• Capilla de Maria Dolorosa - su advocacion reflecta la pintura de Maria Virgen del siglo XVI llamada Maria Dolorosa. La pintura era coronada por el cardenal Jan Puzyna en 1908.
