El monumento mas valioso de la basilica es el altar principal de Wit Stwosz. El altar, con su dimenciones 13 m de altura y 11 m de ancho, es el mayor altar medieval de madera en Europa. Era tallado en roble (la construcción) y tilo (las figuras). El altar es pentáptico, es decir, se compone de cinco partes: el panel central flanqueado por dos alas moviles y dos alas inmóviles. Debajo del panel central hay tallado Árbol de Jesé.
     La escena central presenta el Adormecimiento de Santa Maria Virgen rodeada por doce Apóstoles. La escena no refleja historia escrita en Nuevo Testamento sino “Leyenda Dorada” muy popular en la Edad Media. Segun la leyenda Maria murió sin dolor rodeada por los Apostoles. Santa Maria esta presentada como una mujer muy bonita. Los Apóstoles son presentado como hombres enfermos – un es calvo, otro tiene tiroides, otro presenta su musculos flacos. Todas figuras son talladas con una gran precisión anatómica. Probablemente Wit Stwosz esculpó hombres reales. Unos dicen que Maria tiene faz de Barbara – espoza de artista, los Apóstoles son mendigos, quien Wit Stwosz encontraba cuando trabajaba en la iglesia.
     Los Apóstoles que estan cerca de Maria miran a ella. Los, que estan en bordes, tienen cabezas levantadas, donde esta presentada Asuncion de Maria Virgen. En ese escena Maria y Jesus estan rodeados por Angeles teniendo instrumentos musicales. En las escuinas de la escena central hay cuatro doctores de la Iglesia: Ambrosio, Jerónimo de Estridón, Augustin de Hipona y Gregorio Magno.
     En cumbre del altar esta presentada coronación de Maria Virgen. Aqui Maria esta esculpida con el Dios y Jesus. Ese escena observan dos angeles y dos patrones de Cracovia – san Estanislao (a la izquierda) y san Adalberto (a la derecha).
Bajorrelieves en las cuatro alas ilustran las escenas del Nuevo Testamento. El altar abierto presenta:
Anunciación, Nacimiento de Jesus, los Reyes Magos
Resurrección de Jesus, Ascensión de Jesus, Espiritu Santo
El altar cerrado presenta:
Encuentro de Santa Ana y Joaquín en Puerta Dorada, Nacimiento de María, Presentación de Nuestra Señora en el Templo
Presentación de Jesus en el Templo, Jesus de 12 años en el Templo, Getsemaní
Crucifixión, Descendimiento de la Cruz, Santo Entierro
Descenso de Cristo a los infiernos, Tres Marias con Cristo, Jesus como jardinero con María Magdalena

    Wit Stwosz tallo en total 200 figuras de medidas entre 3 cm y 3 m. Toda gente es vestido en ropa characteristica por la epoca gótica. Hoy el altar es el origen para investigar vida del siglo XV.

    Wit Stwosz construyó su obra durante 12 anos entre los años 1477-89 y ganó 2808 florenes de pago. El pago es tan como anual presupuesto de Cracovia. Una historia dice que unfortunatemente el pierdó el dinero. Queria recuperar el dinero, falsificó firma en letra. Unos descubrieron su falsificación, en efecto era costigado por quemar signos en su mejillas.

    En 1939 los Alemanes robaron el altar. Durante la Secunda Guerra Mundial fue en sótano del castillo en Nurembergo. El altar regreso a Cracovia en 1946 y en 1957 se colocado en su lugar principal.