Монахов ордена св. Франциска пригласили из Праги в 1237 году краковские князи Генрих Бородатый или его сын Генрих Побожный, во время набега татар в 1241 году костел и монастырь были сожжены. В половине XIII века стал усыпательницей князей из семьи Пястов - князя Болеслава Стыдливого (восстановившего костел), его сестры блаженной Саломеи, князя Лешека Бялого и сыновей польского короля Владислава Локотка - Степана и Владислава, после коронации Локотка почти все наследники престола похоронены в Кафедральном соборе на Вавеле.
  В 1850 году во время громадного пожара, захватившего весь квартал Кракова, подверглись уничтожению вся внутренняя обстановка, своды, алтари. Росписью костела после его реставрации занялся известный краковский художник Станислав Выспяньски. Его проект - это не только настенная роспись в форме цветов (ромашек, роз, подсолнухов, лилий, настурций, Анютиных глазков, васильков, одуванчиков, подорожника, клевера и горошка) и звезд - снежинек, но и витражи в презвитерии (Стихии: Вода, Земля, Воздух, Огонь, святой Франциск и блаженная Саломея) и в западном окне - Бог Создатель Неба и Земли.
  Костел является важным элементом пути для паломников - здесь мощи и места связаны с жизнью святых католической церкви: блаженной Анели Салявы, раба божия Иакова Стжеме (Стрепа), блаженной Саломеи, святого Максимилиана Марии Кольбэ. В костеле в часовне Скорьби Божьей Матери находится изображение Мадонны 2 пол. XVII века, в часовне Страстей Христовых - копия Туринская плащаницы.