История костела святого Флориана связана с желанием подчеркнуть значение города Кракова. С этой целью князь Казимир Справедливый получил от римского папы Люция III мощи святого Флориана и разрешение на их перевоз в Польшу. В 1184 году епарх католической церкви Гедэон отправился в Рим и привез в Краков мощи святого мученика.
Святой Флориан при жизни был римским военным, тайно принявшим христианство, жил во время правления римского императора Диоклетиана. Когда Флориан узнал о смертном приговоре нескольких десятков христиан, решил их спасти. Действия Флориана озлобили начальство, его лишили всех должностей и чинов и приговорили к смерти. Казнь произошла 4 мая 304 года, сначала Флориана пытали, потом утопили. Согласно преданию святой Флориан одним ведром потушил пожар в римском лагере, потому считяется покровителем пожарных и трубочистов. В иконографии святой Флориан изображен обычно в форме римского легионера со знаменем и с бочонком воды. На территории Львовской области сохранилось несколько десятков скульптурных изображений св. Флориана например на фасаде пожарной команды во Львове.
Краковский костел святого Флорана много раз подвергался военным разрухе, сегодняшнее здание относитя к XVII веку. На фасаде лепнина с изображением атрибутов апостолов и мучеников: знямя святого Флориана, топор святого Матвея, меч святого Павла, копье святого Войцеха-Адальберта, пила святого Симеона, колосник святого Лаврентия и палица Иуды Фаддея.
В главном алтаре костела изображение святого покровителя кисти Иоанна Триция.