Первое упоминание о костеле святой Анны относится к 1363 году. Храм находился в центре еврейского квартала, рядом с синагогой и мыквой, вне крепостных стен располагалось еврейское кладбище. Местоположение католической святыни часто было причиной ссор и перепалок. В 1407 году вследствие антиеврейских действий и поджегов зданий в квартале подвергся пожару и костел. Восстановлением храма на этом же месте занался лично король Владислав Ягелло. В 1418 году костел был передан быстро развивающейся тогда Академии (Ягеллонскому университету) в качестве главной святыни для студентов и проффесоров. В конце XV века костел опять был уничтожен вследствие пожара, в котором обвинили евреев. Король Иоанн Альбрехт переселил евреев в другой квартал, спустя некоторое время переехали они в город Казимеж (ныне квартал Кракова).
  Рассцвет Краковской академии и присутствие конкурентов (школ Ордена Иезуитов) было причиной новой идеи - построить громадный храм святой Анны. Новый костел, принадлежащий университету, должен быть больше и красивее костела святых Петра и Павла, являющегося визитной карточкой иезуитов в Кракове.
  В конце XVII века Академия обратилась за помощью к королю Иоанну III Собескему и получила от него финансовую поддержку. Архитектор Тильман ван Гамерен использовал в качестве образца проект самого большого костела в Риме Сант-Андреа-делла-Валле. Стройка храма продолжалась семь лет, освящение совершил епарх Казимир Лубенский.
  На фасаде костела фигуры святых: Бернарда Клервоского, Иоанна из Кент, Казимира и Флориана. Внутри богатая идейная программа с главным алтарем, в нем икона Святая Анна с Мадонной и младенцем Христом кисти Ежи Семигиновского-Элеутера, изображения двух покровителей польского государства - святых Войцеха (Адальберта Пражского) и Станислава Щепановского. Внутреннее убранство - роспись мастеров Кароля Данкварта из Нысы, Карло Монти, Инноцента Монти, а также роскошная штукатурка Бальтазара Фонтаны. Роспись на своде пресвитерия - это изображения сцен из жизни Девы Марии - Благовещение Пресвятой Богородицы, Непорочное зачатие Девы Марии, Рождество Христово. На своде главного нефа сцены из Апокалипсиса - Агнец, двадцать четыре старца в белых одеждах, запечатанная семью печатями книга, Откровение Иоанна Богослова.
  В трансепте с правой стороны алтарь с мощами святого Иоанна из Кент -гроб на четырех столбах - символических изображениях четырех факультетов Академии: теологического, юридического, медицинского и астрономического. На четырех колоннах фигуры святых-тезок Иоанна Крестителя, Иоанна Богослова, Иоанна Златоуста, Иоанна Дамаскина. На своде роспись с чудесами свершенными святым Иоанном из Кент - чудо с кувшином и плащом. В углах трофеи - туркские бунчуки, привезенные из Вены, после сражения против Кара Мустафы, польским королем Иоанном III Собеским.

  Часовни в костеле с восточной стороны:

• Святого Иоанна Крестителя с росписью 1700 года кисти Инноцента Монти - сцены Крещения Иисуса Христа в реке Иордан, Святой Иоанн Креститель в пустыне, Голова святого Иоанна Крестителя на подносе.
• Непорочного Зачатия с фигурой Марии, парящей в небесах на полумесяце. Настенная роспись - сцены из Ветхого Завета: Юдифь с головой Олоферна, Эсфирь перед Артаксерксом.
• Cвятого Иосифа с росписью 1699 года кисти Инноцента Монти, в алтаре Святой Иосиф Обручник с младенцем Иисусом и ангелом, на стенах сюжеты из Нового Завета: Cон святого Иосифа Обручника и Бегство в Египет

с западной стороны:

• Святого Петра с росписью 1699 года кисти Карло Монти, в алтаре сцена Освобождение Святого Апостола Петра из темницы
• Святой Екатерины Александрийской с росписью 1700 года кисти Инноцента Монти. В алтаре барельеф с изображением святой Екатерины и ее атрибутами колесом и мечом.
• Святого Себастьяна (построена на деньги священника Себастьяна Пискорского) с изображениея святого и женщин, которые его похоронили Ириной и Лукиной.