Первоначально здание костела было деревянным, достроенным до женского монастыря ордена св. Бернардина Сиенского. Аббатисой монастыря была сестра краковского епарха Тереза Задзик. В годы 1694-1703 монахини построили костел из кирпича в стиле барокко, посвятил костел епископ Казимир Лубенский. После большого пожара 1850 года, когда был сожжен южный квартал города Кракова, костел св. Иосифа надо было восстановить и реставрировать. Внутренное убранство относится к XIX веку, но сохранились некоторые элементы из первого костела - изображение св. Иосифа с младенцем Христом - полотно неизвестного художника итальянской школы, а также фигура Младенца Христа, славящаяся чудесными исцелениями. На стенах сохранились эпитафийные надписи в память жене и теще Франсиско Плачиди - выдающегося королевского архитектора. Настенная роспись 1913 года выполнена в стиле модерн Яном Буковским.